Drei Jahre bevor Sisko nach Deep Space Nine versetzt wurde, diente er auf der U.S.S. Saratoga, die in der Schlacht bei Wolf 359 gegen die Borg vernichtet wurde. Bei diesem Gefecht starb auch seine Frau Jennifer, Sisko konnte nur seinen Sohn Jake retten. Noch immer erschüttert von diesen Ereignissen, ist Sisko zu Beginn seiner Stationierung auf Deep Space Nine nahe daran, die Sternenflotte zu verlassen. Doch macht er zu dieser Zeit erstmals Bekanntschaft mit den bajoranischen "Propheten", den Wesen, die im Inneren des neu entdeckten Wurmlochs leben und die die lineare Zeit nicht kennen.

Diese Begegnung hilft dem angeschlagenen Mann, wieder nach vorne zu blicken und die kommenden Aufgaben anzupacken. Seit dieser Begegnung mit den Propheten wird Sisko von den Bajoranern als der "Abgesandte" der Propheten verehrt. Das Volk würde alles für den Sternenflottenoffizier tun. In den ersten Jahren tut sich Sisko sehr schwer, diesen Status anzuerkennen. Doch deuten etliche Hinweise darauf hin, dass an den Geschichten um den Abgesandten etwas dran sein muss. So erlebt der Captain des öfteren Visionen, in denen die Propheten zu ihm sprechen. Noch mysteriöser werden die Ereignisse, als sich herausstellt, dass Benjamin Siskos Geburt von den Propheten geplant wurde.

Dr. Julian Bashir wurde im Jahre 2341 auf der Erde geboren. Doch leider war der kleine Julian geistig zurückgeblieben und wurde daher von seinen Eltern im Alter von 7 Jahren zu einer Klinik gebracht, in der verbotene genetische Verbesserungen an ihm durchgeführt wurden. Durch diese genetischen Veränderungen wurde Bashir eine medizinische Ausbildung an der Sternenflotten-Akademie ermöglicht, die er als Zweitbester seines Jahrgangs abschnitt, obwohl er eigentlich der beste war, jedoch absichtlich einen Fehler bei einer einfachen Frage in der Abschlussprüfung machte! Wegen seines Wunsches, "richtige" Abenteuer zu erleben, ließ er sich auf die abgelegene Raumstation Deep Space Nine versetzen und sein Wunsch sollte schon bald erfüllt werden...

Auf der Station lernte Julian die Trill Jadzia Dax kennen und war von dieser jungen Frau fasziniert, doch noch sollte die Zeit nicht reif sein für ein Verhältnis zwischen Julian und Dax. Vielmehr vertreibt sich Julian in seinen Jahren auf der Raumstation die Freizeit in erster Linie mit seinem besten Freund Miles O'Brien. Mit ihm zusammen macht er so oft wie möglich die Holosuiten im Quark's unsicher.

Während Jadzia Dax sterben musste, konnte man nur noch den Symbionten Dax retten, der daraufhin nach Trill gebracht wurde. Doch auf dem Föderationsschiff, das den Symbionten nach Hause bringen sollte, verschlechterte sich Dax' Zustand so schnell, dass er sofort in einen anderen Wirt verpflanzt werden musste. Der einzige Trill an Bord war eine sehr junge Frau vom Rang eines Fähnrichs namens Ezri, die bei der Sternenflotte ihre Ausbildung als Schiffscounselor eben erst beendet hatte.

Sie war nie darauf vorbereitet worden, einen Wirt zu empfangen, aber auch gleichzeitig die einzige Möglichkeit, den Symbionten zu retten. So wurde Ezri über Nacht zu Ezri Dax. Anfangs ist Ezri völlig überfordert von all den auf sie einströmenden Erinnerungen und Gedanken, die ihr von Dax übermittelt werden. Besonders der gewaltsame Tod Jadzias macht ihr zu schaffen.

Nach einiger Zeit kehrt Ezri zur Erde zurück, auf der sich zu diesem Zeitpunkt auch Captain Sisko befindet. Ezri hofft, dass ihr Dax' alter Freund beim Versuch ihrer Selbstfindung helfen kann. So kommt es, dass Ezri zusammen mit Sisko und seiner Familie nach Tyree reist, um dort den "Drehkörper des Abgesandten" zu suchen. Bald darauf kehrt Ezri dann auf DS9 zurück, wo sie anfangs große Schwierigkeiten mit Worf, quasi ihrem Ex-Mann, hat. Zudem fühlt sich Ezri zu Dr. Bashir hingezogen, der ihre Gefühle durchaus erwidert…

Jadzia war die Trill-Wirtin des Symbionten Dax, der mittlerweile schon etwa 300 Jahre alt ist. Jadzia selbst wurde im Jahre 2341 geboren. Bevor die junge Jadzia Wirtin des Dax-Symbionten wurde, war ein Mann namens Curzon der Träger. Aus dieser Zeit kennt auch Captain Sisko den bzw. die Trill, denn die beiden Männer waren einst sehr gute Freunde. Aus diesem Grund bezeichnete der Captain auch des öfteren die junge Jadzia kameradschaftlich als "alten Mann". Jadzia war ein sehr beliebtes Mitglied der Crew und war bei allen Bewohnern von Deep Space Nine sehr beliebt. Auch verstand sie sich blendend mit dem Ferengi Quark, mit dem sie etliche Abende am Dabo-Tisch verbrachte.

Im Jahre 2373 kamen sich dann Jadzia und der Klingone Worf näher und heirateten wenig später. Doch war das Glück der beiden nur von kurzer Dauer, denn bereits ein Jahr später wurde Jadzia, die sich gerade im bajoranischen Tempel der Station aufhielt, auf hinterhältige Weise von dem bösen, vom Pah-Geist besessenen Dukat ermordet. Während die junge Frau sterben musste, konnte man nur noch den Symbionten Dax retten, der daraufhin nach Trill gebracht wurde…

Der erste Offizier von Deep Space Nine, Kira Nerys, ist Mitglied der bajoranischen Armee und deren ranghöchster Offizier auf der von der Sternenflotte und Bajor geleiteten Station. Schon und gerade zur Zeit der cardassianischen Besatzung auf ihrem Heimatplaneten war Kira eine Kämpferin. In der bajoranischen Widerstandsbewegung war Kira zu dieser Zeit ein wichtiges Mitglied, das für viele Sabotageaktionen und Anschläge gegen die Besatzer verantwortlich war.

Nachdem die Cardassianer endlich Bajor verlassen hatten, wurde Kira Nerys damals noch mit dem Rang eines Majors auf die in der Nähe von Bajor befindliche, ehemals cardassianische Raumstation Terok Nor versetzt, wo sie ihren Dienst unter dem neuen Kommandanten der Station Commander Benjamin Sisko antrat.

Seitdem nimmt sie mutig und selbstbewusst ihre Pflichten als Führungsoffizier der Station, die nun Deep Space Nine heißt, wahr, ohne jedoch ihre eigentlichen Aufgaben als Mitglied des bajoranischen Militärs zu vernachlässigen. Kira scheut keine Konfrontation, um das Beste für ihr Volk und ihren Planeten zu erreichen.

Der im Jahre 2335 in Irland (Erde) geborene Miles O'Brien ist schon seit langem in der Sternenflotte. Er diente vor vielen Jahren unter Captain Ben Maxwell auf der U.S.S. Rutledge. Bei einer damaligen Mission musste er einen Cardassianer in Notwehr töten, ein Ereignis, das den damals noch jungen Miles prägte. Seitdem hasste er die Cardassianer, weil einer von ihnen ihn zu einem "Mörder" machte. Erst im Laufe vieler Jahre konnte Miles schließlich diese Erfahrung verarbeiten.

Später von 2365 bis 2369 diente O'Brien auf der U.S.S. Enterprise-D als Transporter-Chief. Zu dieser Zeit heiratete er seine Frau Keiko und wurde Vater der kleinen Molly, die unter tatkräftiger Unterstützung von Lt. Cmdr. Worf zur Welt kam, der sich in einer Notsituation als Hebamme betätigen musste.

Chief O'Brien wurde dann von Captain Picards Schiff nach Deep Space Nine versetzt, wo er seither als Chief der Technik arbeitet. Im Laufe der Zeit hat sich Miles dann mit Dr. Bashir angefreundet, den er anfangs wegen dessen "Geschwätzigkeit" überhaupt nicht leiden konnte. Mittlerweile ist aber eine echte Männerfreundschaft zwischen den beiden entstanden. Im Jahre 2373 wurde Miles zum zweiten Mal Vater, als sein Sohn Kirayoshi zur Welt kam. Wegen eines Shuttleunfalls, bei dem Miles' Frau Keiko verletzt wurde, konnte das Kind aber nicht von ihr selbst zur Welt gebracht werden. Als Leihmutter stellte sich seinerzeit niemand anderes als Colonel Kira zur Verfügung.

Auberjonois Der Formwandler Odo wurde vor 50 Jahren in einem Asteroidengürtel gefunden und daraufhin nach Bajor gebracht, wo er einige Jahre lang in wissenschaftlichen Laboratorien von Dr. Mora untersucht wurde. Später wurde Odo Sicherheitschef der cardassianischen Raumstation Terok Nor, ließ sich jedoch auch in der Zeit der Unterdrückung der Bajoraner durch die Cardassianer nicht in seinem trockenen, objektiven Urteilsvermögen beeinträchtigen und war nicht nur einfach eine Marionette der Cardassianer.

Als dann später die Cardassianer die Station räumen mussten, blieb Odo zurück und war auch unter der neuen Führung durch die Föderation und Bajor der Sicherheitschef der nun Deep Space Nine genannten Station, wobei ihn seine Vergangenheit zur Zeit des cardassianischen Regimes mehr als nur einmal in größere Schwierigkeiten brachte.

Im Jahre 2371 bekommt Odos Leben eine völlig neue Wendung. Er gelangt ans Ziel seiner Suche nach anderen Formwandlern und muss herausfinden, dass es sich bei seinen Artgenossen um niemand anderes als die sagenumwobenen "Gründer" des gefürchteten Dominions handelt. In den darauffolgenden Jahren distanziert sich Odo zunehmend von seinen Brüdern. Doch kommt es auch durch den sich anbahnenden Krieg zwischen dem Dominion und den Mächten des Alpha-Quadranten immer wieder zu Kontakten. Einmal muss Odo sogar einen seiner Artgenossen töten und bricht damit das heiligste Gesetz seines Volkes. Als Strafe wird er von den anderen Wechselbälgern zwischenzeitlich sogar seiner Fähigkeiten beraubt und zu einem ganz normalen Menschen gemacht. Trotzdem hegt Odo tief in seinem Innersten noch immer den Wunsch, irgendwann einmal wieder in die "große Verbindung" zurückkehren zu können, auch wenn ihn mittlerweile viele Dinge auf Deep Space Nine zurückhalten, z.B. seine Liebe zu Colonel Kira.

Quark konnte von Sisko überredet werden, sein Lokal nach dem Rückzug der Cardassianer nicht aufzugeben. Dadurch steht er als Vorbild für die gute infrastrukturelle Entwicklung der Station seit dem Eintreffen der Sternenflotte bei Sisko höher im Ansehen, als man meinen sollte.

Quark ist als Ferengi stets auf Profit bedacht und lässt keine Gelegenheit aus, seinen Reichtum, der mit anderen Ferengi verglichen nicht überwältigend ist, zu vergrößern, nötigenfalls auch mit illegalen Mitteln. Seinen Bruder Rom behandelt er meist wie einen Knecht, wie auch die Angestellten in seiner Bar, dem Quarks. Zu allen regelmäßigen Gästen unterhält er gute Beziehungen, dementsprechend auch zu den Sternenflottenoffizieren, die mit Ausnahme von Sisko zu den Stammkunden gehören. Seine Holosuiten sind meist ausgebucht, Chief O'Brien und Dr. Bashir nehmen sie häufig in Anspruch.

Nach dem Tod seiner Mutter wurde Jake weiterhin von seinem Vater auf dessen Posten mitgenommen, so auch nach DS9, wo er sich mit dem Ferengi Nog anfreundete. Seine große Leidenschaft ist das Schreiben. Um eines Tages ein großer Autor zu sein, fungiert er auf der Station häufig als Journalist. Mit der Crew versteht er sich ausnahmslos gut, und für einige Zeit war er in Major Kira verliebt. Aufgrund des Mangels gleichaltriger hat er keine Freundin und fühlt sich, vor allem wenn Nog abwesend ist, etwas allein.

Zu Beginn seines vierten Jahres als Commander der Station Deep Space Nine bekam Captain Sisko einen neuen Führungsoffizier von der Sternenflotte unterstellt. Es handelt sich um keinen anderen als den ersten Klingonen, der in die Sternenflotte eingetreten ist: Lt. Cmdr. Worf. Nachdem kurz zuvor die U.S.S. Enterprise-D, das Schiff auf dem der Klingone bis zu diesem Zeitpunkt gedient hatte, bei einer Mission zerstört worden war, bekam Worf die Aufgabe übertragen, die diplomatischen Beziehungen zwischen der Föderation und dem Klingonischen Reich zu verbessern. Denn ein klingonischer Angriff auf Deep Space Nine stand kurz bevor!

Im Laufe der Jahre lebte sich der manchmal recht steife Klingone immer besser auf Deep Space Nine ein und auch seine diplomatischen Aufgaben löste er meist mit Bravour. So wurde er schließlich sogar ins Haus des klingonischen Generals Martok, der später die klingonische Flotte im Krieg gegen das Dominion kommandieren sollte, aufgenommen. Doch auch noch andere Verbindungen knüpfte Worf auf Deep Space Nine: Er verliebte sich in Lt. Cmdr. Jadzia Dax, die er dann auch heiratete. Doch das Glück der beiden war nur von kurzer Dauer, denn Jadzia wurde kurze Zeit später vom gewissenlosen Cardassianer Dukat ermordet.